Este programa, vigente desde 1997, tiene como objetivo caracterizar los balnearios situados en las costas de los cursos y cuerpos de agua de la provincia desde el punto de vista de su calidad microbiológica para su uso recreativo con contacto directo, y además analizar tendencias de evolución de la calidad bacteriológica de las aguas, a lo largo de los sucesivos periodos estivales.
Inicialmente se aplicó en la cuenca del río Negro, y en el año 2003 se extendió a nuevos sitios dentro de la misma cuenca así como áreas de recreación sobre el río Colorado, el río Quemquemtreu, el lago Puelo, Chubut (por ser un sitio perteneciente a la cuenca del río Azul en el marco de gestión integrada de los recursos hídricos que se lleva desde esta autoridad hídrica provincial) y en la costa marítima.
Todas las tomas de muestras fueron realizadas por personal técnico del DPA, y las mismas se conservaron y analizaron siguiendo los protocolos desarrollados con consenso en el marco de los organismos de cuencas para la seguridad y confiabilidad de los datos, de acuerdo con las recomendaciones internacionales.
Los resultados de la evaluación de la calidad de agua para el uso recreativo, fueron comunicados a los municipios que corresponden para que procedan en consecuencia, sobre las habilitaciones de los balnearios en su jurisdicción.