El gobierno y la administración del DPA están a cargo de la Superintendencia General designada por el Poder Ejecutivo con acuerdo de la Legislatura. Actualmente, el Ing. Fernando Curetti es la máxima autoridad sobre la siguiente estructura organizativa:
1 La Intendencia General de Hidráulica y Saneamiento, se encuentra dirigida por el Ing. Gonzalo Asensio, encargada de elaborar los estudios y proyectos de riego y saneamiento y la ejecución de obras por contrato o administración.
2 La Intendencia General de Riego está a cargo del Ing. Gastón Guzzardi que tiene bajo su dependencia todo lo concerniente al servicio de riego y la regulación de las entidades organizadas bajo la figura de Consorcios de Riego.
3 La Intendencia General de Recursos Hídricos la lleva adelante el Ing. Daniel Alberto Petri, con competencia en las relaciones interprovinciales de la administración hídrica, en la implementación del Régimen de Protección y Conservación de los Recursos Hídricos y en la planificación y evaluación de los Recursos Hídricos.