El gobierno y la administración del DPA están a cargo de la Superintendencia General designada por el Poder Ejecutivo con acuerdo de la Legislatura. Actualmente, el Lic. Pedro Ramón Sánchez es la máxima autoridad sobre la siguiente estructura organizativa:
1 La Intendencia General de Hidráulica y Saneamiento, se encuentra dirigida por el Ing. Darío S. García, encargada de elaborar los estudios y proyectos de riego y saneamiento y la ejecución de obras por contrato o administración.
2 La Intendencia General de Riego está a cargo del Ing. Gastón Guzzardi que tiene bajo su dependencia todo lo concerniente al servicio de riego y la regulación de las entidades organizadas bajo la figura de Consorcios de Riego.
3 La Intendencia General de Recursos Hídricos la lleva adelante el Ing. Silvina Guidi, con competencia en las relaciones interprovinciales de la administración hídrica, en la implementación del Régimen de Protección y Conservación de los Recursos Hídricos y en la planificación y evaluación de los Recursos Hídricos.
4 Aguas Rionegrinas Sociedad del Estado (ARSE) es una empresa estatal de la provincia de Río Negro creada en 1998 por Ley N° 3184. Su misión es prestar los servicios de riego y aprovechamiento hidroeléctrico desde el respeto a las normas de uso del agua establecidas por las leyes provinciales, reglamentaciones y convenios, acatando los requerimientos e instrucciones que imparte el Departamento Provincial de Aguas (DPA).