Los estudios para la evaluación de la calidad del agua del Lago Nahuel Huapi han sido llevados a cabo en forma periódica desde 1994, habiéndose publicado en diversos informes técnicos, los resultados obtenidos a lo largo de años de relevamientos.
A partir del año 2010, se realiza un monitoreo ininterrumpido de la calidad del agua de este cuerpo hídrico, denominado Programa Permanente de Control de la Calidad del Agua del Lago Nahuel Huapi, el cual se desarrolla en el marco de la Unidad de Gestión de Calida del Agua en la Cuenca.
Participan activamente de este programa las siguientes instituciones:
Departamento Provincial de Aguas de la Provincia de Río Negro (DPA), Dirección Provincial de Recursos Hídricos (DPRH) y Secretaría de Estado de Ambiente y Desarrollo Sustentable (SEAyDS) de la Provincia del Neuquén y la Autoridad Interjurisdiccional de las Cuencas de los Ríos Limay, Neuquén y Negro (AIC).